يتألف هذا المجمع الكنسي الذي اقيم فوق أبنية وقبور نبطية قديمة من ثلاث كنائس: الكنيسة المرتفعة، والكنيسة الزرقاء، وكنيسة البترا.

يُطلق على الكنيسة المرتفعة هذا الاسم نظرًا لموقعها الاستراتيجي المرتفع فوق مركز مدينة البترا، وهي بناء بسيط يتكون من جناحين يحيطان بصحن ومفصولان عنه بخمسة أعمدة على كل جانب. وتحت الصحن يوجد خزان كبير لتجميع مياه الأمطار من السقف. يعود تاريخ بناء هذه الكنيسة إلى أواخر القرن الرابع أو بدايات القرن الخامس، حيث تم بناؤها باستخدام حجارة من أبنية نبطية ورومانية.

أما بالنسبة للكنيسة الزرقاء، التي تم تسميتها بهذا الاسم نظرًا لوجود أربعة أعمدة من الجرانيت المصري الأزرق، والتي من المحتمل أنها نقلت من بناء نبطي قريب، فمن المعتقد أنه تم بناؤها في منتصف القرن الخامس، بشكل متزامن مع كنيسة البترا. ومن المحتمل أن الكنيسة الزرقاء قد تم استخدامها كنزلاً للحجاج أو مقراً لإقامة مسؤول الكنيسة.

تمثل كنيسة البترا الرئيسية نظام البازيليكا الثلاثي. وتمتد بطول 26 متر شرق/غرب  وعرض 15 متر شمال/جنوب، وتضم  ثلاثة محاريب يقابلها ثلاثة مداخل، ويُعتقد بأن هذه الكنيسة قد بُنيت في النصف الثاني من القرن الخامس الميلادي. كما وأن أرضيتها الفسيفسائية مزينة برسومات جميلة، توجد ضمن دوائر متعددة، وهي تصور مختلف العناصر بما في ذلك الحيوانات والطيور والأشكال الآدمية والنباتات، بالإضافة الى رموز وصور أخرى تمثل الفصول الأربعة والمحيط والأرض والحكمة.